4ª temporada

En la cuarta temporada, se revela que Lyoko no fue destruido completamente. Jeremie y Aelita intentan restaurar el sector cinco y logran resturar los otros 4 sectores y así continuando el seguimiento de XANA.
El grupo tiene nuevos uniformes y armas más potentes. Viajando en el Mar digital con un buque sumergible creado por Jeremie, el Skidbladnir (Skid), el grupo se encuentra con una serie de "Replikas" que son una copia de Lyoko. Cada una de estas Replikas sólo tiene un sector y estas son controladas por otro superordenador a su vez controlado por XANA. Jeremie crea una forma de materializar a sus amigos en el sitio de la Tierra de estos superordenadores con sus capacidades intactas de Lyoko. Mientras tanto, continúan combatiendo a William y en el episodio 93 (Vuelta a la Tierra) logran que vuelva a la normalidad a la Tierra y el Skid es destuido por el Koloso. Franz Hopper es destruido segundos antes de que Aelita pudiera acabar con XANA. La temporada acaba cuando cada uno habla sobre sus mejores recuerdos antes de desactivar el superordenador.

3ª temporada

En la tercera temporada, XANA logra poseer a Aelita y le ordena que borrase todos los sectores menos el sector 5, donde él habita. A pesar de que el grupo de amigos trata de impedirlo, XANA tiene éxito en su operación. Sin embargo, después de todo, Jeremie frustra los planes de la entidad maligna encontrando un método por el cual ingresar al sector cinco sin necesidad de hacerlo por medio de otro sector.
Considerando que XANA ahora es más poderoso que antes, el grupo decide agregar a William Dumbar al equipo. Esto resulta ser un error desastroso ya que la Scyphozoa logra poseerlo y XANA consigue inutilizar la supercomputadora y, supuestamente, también destruye Lyoko. Dentro de la máquina vacía e inútil, William se transforma en una versión oscura de sí.
En esta temporada Aelita ya es libre, por lo que sin Lyoko puede permanecer viva de todos modos. Sin embargo, la destrucción del mundo virtual obstruiría las posibilidades de que pueda conocer a Franz Hopper, su padre, pero increíblemente Jeremie recibe un mensaje cifrado de esta persona a través de Internet que demuestra que no todo está perdido.

2ª temporada

La segunda temporada, en contraste con la primera, es más enfocada
La animación es más realista y detallada y la personalidad de algunos personajes cambian. Al comienzo de esta porción de la serie, Aelita vive en la tierra y llega al internado bajo el nombre de Aelita Stones, presentándose como una supuesta prima de Odd y que procedía de Canada.
Aelita comienza a tener visiones de una vida que ella supuestamente nunca vivió y descubren a una persona llamada Franz Hopper que podría tener conexión con Lyoko. Además, descubren un quinto sector (llamado Cartago) en Lyoko que es donde habita XANA y por el cual pueden llegar hasta sus datos y destruirle y una especie de segunda identidad que más tarde se revela como Franz Hopper atrapado en Lyoko, y es el creador del superordenador.
Mientras tanto, XANA crea y envía un monstruo llamado Scyphozoa (se pronuncia "cifosoa") para robar la memoria de Aelita. Finalmente, se revela que Aelita es hija de Franz Hopper y que su nombre verdadero es Aelita Schaeffer.

1ª temporada

La primera temporada de la serie tiene poco desarrollo, haciéndose las verdaderas revelaciones en los últimos capítulos de la misma. El resto de los episodios son "de relleno" ya que en cada uno de ellos el grupo de amigos descubre un intento de ataque de XANA, luchan contra él, lo detienen y regresan en el tiempo.
Como complemento para evitar la monotonía de la saga, se incluyen relaciones entre los protagonistas y otros estudiantes y profesores de la escuela, con sus padres, familiares, etc. Durante todo esto, Jeremie trabaja en un programa para "materializar a Aelita" (transportarla desde el mundo virtual hasta el mundo real) y así poder apagar el superordenador para olvidarse de XANA. Al final de la temporada, Jeremie logra su objetivo pero XANA infecta a Aelita para que siga unida a Lyoko y no puedan así apagar el superordenador.

Perludio

Es un episodio llamado "El despertar de XANA" dividido en dos partes. El episodio es un extra de la 3ª temporada, pero los hechos suceden justo antes del primer episodio de la 1ª temporada (de ahí el nombre). En estos dos episodios se muestra como se conocen los personajes. Al principio Jeremie llamó a Aelita Maya, puesto que no sabía su nombre real, pero cuando entra para desactivar la torre recuerda su nombre real, ya que lo había olvidado. También Yumi es introducida como la nueva, conoce a Ulrich, en clase de lucha. Ella le gana por lo que Ulrich se enfada y se va sin despedirse. Sissi es tomada como parte del equipo, pero tenía miedo de ir a Lyoko, y por tanto, al no escaneada, no era inmune a las vueltas al pasado y aprovecharon, para eliminarla del grupo por no ser de fiar.

SIPNOSIS

Un grupo de compañeros de escuela conformados por Jeremie Belpois, Ulrich Stern, Odd Della Robbia y Yumi Ishiyama descubren la existencia de un superordenador en una fábrica abandonada próxima a su academia Kadic.
Al encender este superordenador, descubren un mundo virtual llamado Lyoko dividido en cuatro sectores, así como también la existencia de un virus llamado XANA, y de una persona de su edad que se encuentra "virtualizada" llamada Aelita.
La serie consiste en que este grupo de amigos contribuyen a la supervivencia de Aelita combatiendo contra XANA. Para ello, se "virtualizan" por medio de escáners presentes en la fábrica que los transporta al mundo virtual.
Más tarde también aparecen nuevos personajes como el padre de Aelita, al que también intentan proteger y mantener con vida, y también un chico llamado William que está colado por Yumi.
También aparece un nuevo sector llamado Cartago pero en la serie lo llaman el sector 5, en el cual está el núcleo de Lyoko y toda la información sobre XANA y de los sectores del hielo, del bosque, del desierto y de las montañas.

Garage Kids

Los 5 minutos del piloto de Code Lyoko, titulado Garage Kids, fue publicado en 2001. Aunque similar en concepto, que difiere en su ejecución, tales como la posesión de los poderes de los protagonistas en el mundo real, y sólo aparecen los Guerreros de Lyoko excepto Aelita. En Garage Kids, Lyoko es llamado Xanadu