2ª temporada

La segunda temporada, en contraste con la primera, es más enfocada
La animación es más realista y detallada y la personalidad de algunos personajes cambian. Al comienzo de esta porción de la serie, Aelita vive en la tierra y llega al internado bajo el nombre de Aelita Stones, presentándose como una supuesta prima de Odd y que procedía de Canada.
Aelita comienza a tener visiones de una vida que ella supuestamente nunca vivió y descubren a una persona llamada Franz Hopper que podría tener conexión con Lyoko. Además, descubren un quinto sector (llamado Cartago) en Lyoko que es donde habita XANA y por el cual pueden llegar hasta sus datos y destruirle y una especie de segunda identidad que más tarde se revela como Franz Hopper atrapado en Lyoko, y es el creador del superordenador.
Mientras tanto, XANA crea y envía un monstruo llamado Scyphozoa (se pronuncia "cifosoa") para robar la memoria de Aelita. Finalmente, se revela que Aelita es hija de Franz Hopper y que su nombre verdadero es Aelita Schaeffer.